Mécanisme Régional de Coordination et de Coopération :

Chaque Etat membre établit un Mécanisme National de Coordination de la Conférence en vue d’y faciliter la mise en oeuvre du Pacte en collaboration avec l’Etat membre et les partenaires au développement.

Le Secrétariat Exécutif :

Son siège se trouve à Bujumbura au Burundi ; le Secrétariat Exécutif est l’organe technique de coordination de la Conférence ; il est dirigé par la Secrétaire Exécutive, Ambassadeur Liberata Mulamula.

Comité Interministériel Régional :

C’est l’organe exécutif de la Conférence, Il se réunit en session ordinaire deux fois par an ; Il peut se réunir en session extraordinaires selon certaines règles.

Sommet des Chefs d’Etat :

C’est l’Organe Suprême de la Conférence ; Sa présidence est assurée par les Chefs d’Etats et de gouvernement sur base de rotation ;

Il se réunit une fois tous les deux ans ; Une session extraordinaire du Sommet peut être convoquée selon certaines règles.