Le Programme des questions transversales se focalise sur les sujets des droits de l’homme, de la prévention et de la répression du crime de génocide et autres atrocités de masse, du genre, de l’environnement, du VIH/SIDA, des MST, du paludisme, de la tuberculose, des établissements humains et de la jeunesse. En outre, dans l’accomplissement de ses tâches, le Programme a également pour mission de veiller à ce que ces différentes questions soient bien intégrées et prises en compte dans les activités des quatre programmes phares du Secrétariat de la Conférence, à savoir : Paix et sécurité, Démocratie et bonne gouvernance, Intégration régionale et développement économique, Questions humanitaires et sociales.
Depuis sa création, le programme des questions transversales s’est concentré sur les principaux domaines des droits de l’homme et de la prévention du génocide, notamment la création de comités nationaux pour la prévention du génocide en RCA, en RDC, au Congo Brazzaville, au Kenya, en Ouganda, au Rwanda, en Tanzanie et au Sud-Soudan ; La création du Comité régional pour la prévention du génocide ; la formation des membres du Comité régional sur le système d’alerte précoce et la préparation d’un projet sur l’introduction de modules d’éducation civique et morale sur la prévention du crime de génocide et d’autres atrocités de masse dans les systèmes éducatifs des 12 États membres.
Les perspectives du programme sont de mener une étude sur les mécanismes existants et le fonctionnement des structures nationales pour la promotion et la défense des droits de l’homme et sur la situation des droits de l’homme dans la région ; d’établir les comités nationaux pour la prévention du génocide dans les 4 États membres restants et de redynamiser les comités nationaux existants dans les 8 États membres et de mobiliser des fonds pour la mise en œuvre du plan d’action du comité régional pour la prévention du génocide.